Στο νησί δεν υπάρχουν ασφαλτοστρωμένοι δρόμοι γεγονός που καθιστά περιττό το αυτοκίνητο ή τη μοτοσικλέτα. Επιπλέον, όλες οι διαδρομές καλύπτονται με τα πόδια, με καΐκια προς τις παραλίες και με ποδήλατα που ενοικιάζονται στο νησί. Το κόστος ναύλωσης του καϊκιού μέχρι το Κάτω Κουφονήσι είναι λογικό. Τέλος, δεν είναι λίγες οι φορές που οι φιλόξενοι κάτοικοι του νησιού πρόθυμα θα σε μεταφέρουν μέχρι τις πιο μακρινές παραλίες.

Τα καΐκια του νησιού μεταφέρουν τους επισκέπτες στις παραλίες του Κουφονησίου και του Κάτω Κουφονησίου ανά μία ώρα. Εκδρομές σ'αυτές τις παραλίες, αλλά και στο Γλαρονήσι και την Κέρο μπορεί κανείς να κάνει και με το ιδιωτικό του σκάφος, το οποίο μπορεί να εφοδιάσει με καύσιμα στην προβλήτα του Κουφονησίου.
Η άγρια ομορφιά και η παρθένα φύση του νησιού προσφέρεται για περιπάτους, ενώ η εξερεύνηση γίνεται πιο εύκολη με την ενοικίαση ποδηλάτων που συνδυάζει την περιπέτεια με την άθληση.